수입부가세 면제대상 희귀병 치료제 3종 추가…3% 넘게 임금 올린 중기에 세제지원

정부, 개정 세법 시행규칙 내달 실시…탄소중립 사업시설에 최고 12% 세액공제

다음달 중 5천달러로 설정된 국내 면세점 구매 한도가 43년 만에 폐지된다.

리그오브레전드(LoL) 등 e-스포츠 구단을 운영하는 기업은 운영 비용의 10%를 세금에서 빼준다.

정부는 9일 이런 내용 등을 담은 개정 세법 시행규칙을 발표했다.

개정 시행규칙은 향후 입법예고와 법제처 심사 등을 거쳐 내달 공포·시행된다.

◇ 내국인 면세점 구매한도 5천달러 폐지…희귀병 환자 치료비 부담 완화

정부는 우선 해외로 출국하는 내국인 대상 면세점 구매 한도(5천달러)를 폐지하기로 했다.

면세점 구매 한도가 사라지는 것은 지난 1979년(당시 500달러) 제도 신설 이후 43년 만이다.

정부는 그동안 면세점 구매 한도를 500달러에서 1천달러, 3천달러, 5천달러 등으로 늘려왔으나, 올해부터는 코로나19로 어려움을 겪는 면세업계를 지원하고 해외 소비를 국내로 돌리기 위해 한도를 아예 없애기로 했다.

해당 조치는 규칙 시행일 이후 구매분부터 적용된다.

희귀병 환자의 치료비 부담을 낮추기 위해 수입 부가가치세 면제 대상인 희귀 의약품 범위도 현재 11종에서 14종으로 늘린다.

규칙이 시행되면 전신 중증 근무력증, 신경섬유종증, 시신경 척수염 범주 질환 등 희귀병 치료제 3종은 앞으로 수입 부가세 10%를 면제받을 수 있다.

코로나19에 따른 경제난으로 연금을 중도 인출할 경우에는 분리과세 혜택을 준다.

원래 연금계좌 중도 인출 금액은 기타소득으로 분류해 15%의 세율로 과세하는데, 연금소득으로 분리 과세하면 3∼5%의 낮은 세율이 적용된다.

분리과세 한도는 기본 200만원에 의료비·간병인 비용, 휴직·휴업 개월당 150만원을 합친 금액으로 정했다.

◇ 게임 구단 운영 기업, 3년간 비용 10% 세액공제

리그오브레전드(LoL·롤) 등 12개 e-스포츠 종목 구단을 운영하는 기업은 3년간 운영비용의 10%를 법인세에서 공제받을 수 있다.

앞서 정부는 세법 시행령 개정을 통해 게임 등 e-스포츠 운동경기부를 운영하는 기업에도 세금 혜택을 주기로 했는데, 이번 시행규칙에서 구체적인 지원 종목을 정했다.

근로소득 증대 세제 혜택을 받을 수 있는 중소기업은 더욱 확대한다.

근로소득 증대 세제는 직전 3년 평균 임금 증가율 또는 시행규칙상 평균 임금 증가율(중소기업)보다 큰 폭으로 임금을 올린 기업에 세액공제 혜택을 주는 제도다.

개정 시행규칙은 중소기업 평균 임금 증가율을 3.8%에서 3.0%로 낮추고, 3% 넘게 임금을 올린 중소기업에 대해서는 초과 임금 증가분에 대해 20%의 세액공제 혜택을 받을 수 있도록 했다.

정부는 또 최고 12%의 세액공제 우대 혜택을 제공하는 신성장·원천기술 사업화시설 투자에 탄소중립 분야를 신설해 지원하기로 했다.

희토류나 요소수 등 국내 공급 기반이 취약해 연구개발이 시급한 핵심 품목 관련 기술도 지원 대상에 포함한다.

이에 따라 신성장 사업화 시설 지원 범위는 총 11개 분야 181개로 늘어난다.

반도체·배터리·백신 등 국가 경제·안보와 직결된 국가전략기술 사업화 시설 31곳에 대해서는 이보다 높은 최고 20%의 세액공제 혜택을 준다.

주택건설사업자가 천재지변이나 그 밖의 재해 등으로 3년 이내에 주택을 철거(멸실)하지 못한 경우에는 해당 주택을 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 제외해준다.

원래 주택 건설 목적으로 취득한 주택은 3년 이내에 철거해야 종부세 과세 대상에서 빼주는데, 불가피한 상황에서 철거하지 못한 경우는 예외로 인정해주겠다는 것이다.

주기적 감사인 지정 대상인 대규모 공익법인에 대해서는 감사인 지정 점수가 높은 감사인을 지정한다.

올해부터 자산 1천억원 이상 공익법인은 주기적으로(6개 연도 중 2개 연도) 정부가 지정하는 감사인의 외부감사를 받아야 하는데, 이때 소속 공인회계사 수 등을 기준으로 점수를 매겨 감사인을 지정하겠다는 취지다.

아울러 상장 기업이 회생 계획을 이행하기 위해 주식을 거래하는 경우에는 사실상 경영권 이전이 이뤄지더라도 법인세 할증에서 제외한다.

현재는 주식 거래를 통해 최대 주주가 변경되거나 최대 주주의 지분율이 1% 이상 변동되는 경우 이를 경영권 이전 수반 거래로 보고 법인세를 20% 할증하고 있다.